反相层析（RPC）填料以C4、C8或C18烷基键合硅胶为基质，通过疏水性差异分离蛋白，提供所有层析模式中比较高的分辨率。丁基硅胶（C4）适蛋白分离，孔径通常300Å以避免空间位阻。Sepax Proteomix和Waters XBridge是高性能，可耐受宽pH范围（2-10）。RPC的优势在于质级纯度制备，能分离差一个氨基酸的异构体，分析级柱效可达100,000理论塔板数。但有机溶剂（乙腈、异丙醇）易导致蛋白变性失活，且上样量低。主要应用于肽段、胰岛素等稳定小蛋白的精纯，以及抗体药物偶联物（ADC）的DAR值分析控制。在生物制药中多用于分析而非制备，是质量控制的关键技术。肝素填料模仿肝素结构，常用于纯化凝血因子和DNA结合蛋白。生产级纯化介质供应商
以聚甲基丙烯酸酯或聚苯乙烯为骨架的离子交换填料，因其的机械强度和化学稳定性，成为工业级蛋白纯化的主流选择。这类填料可耐受极端pH和强清洗剂，支持在线清洁（CIP）工艺。Q、DEAE为阴离子交换配基，SP、CM为阳离子交换配基，通过电荷差异实现蛋白分离。Toyopearl和Source系列前列水平，提供30-100 μm的均一粒径，柱效高达数千理论塔板数。其优势在于高载量（可达80 mg/mL以上）、快速动力学和优异的放大一致性。缺点是疏水性较强，可能导致部分蛋白失活。适用于单克隆抗体捕获、重组蛋白精纯及病毒颗粒分离，在cGMP生产中市场份额持续增长。生产级纯化介质供应商膨胀床吸附填料允许直接从粗提液捕获蛋白，简化流程。
Ni-NTA填料专为带His标签的重组蛋白设计，通过镍离子与组氨酸残基的配位作用实现特异性捕获。N-次氮基三乙酸（NTA）四齿螯合结构可牢固结合Ni²⁺，减少离子渗漏，耐受10-20 mM咪唑洗涤。Qiagen的Ni-NTA Agarose和Cytiva的Chelating Sepharose是经典产品，提供琼脂糖和高流速琼脂糖两种基质。优势在于通用性强，标签小不影响蛋白结构，结合条件温和（pH 7-8）。缺点是金属离子可能氧化敏感残基，且宿主蛋白中天然His-rich蛋白会造成污染。适用于实验室规模快速筛选和中试生产，在结构生物学和酶工程领域不可或缺，纯化后标签可通过蛋白酶切除。
连续生物制造（Continuous Bioprocessing）要求填料支持高流速、低背压和数千次循环稳定性。填料如POROS系列和Eshmuno HCX采用灌注色谱（Perfusion Chromatography）技术，6000-8000Å超大贯穿孔允许大分子快速传质，实现10倍于传统填料的流速。这类填料机械强度极高，可承受>3000次循环，配基脱落<1 ppm。优势在于设备利用率高，生产周期从数天缩短至数小时，占地空间减少80%。但开发需配合过程分析技术（PAT）和复杂控制系统。在单抗、胰岛素等稳定蛋白生产中已有商业化案例，FDA已批准连续生产工艺，了未来生物制药从批次向连续生产的范式转变。无孔填料传质阻力小，适合快速分离但载量相对较低。
科研级蛋白纯化填料的特点是类型多样、灵活性高，可满足实验室不同研究需求（如不同蛋白类型、不同纯化规模、不同分辨率要求）。科研级填料通常体积较小，适合少量样品的纯化（如微克级、毫克级），且提供多种功能类型（如各种亲和配体、不同疏水性的疏水基团、不同孔径的凝胶过滤基质），方便研究人员根据目标蛋白的特性灵活选型。此外，科研级填料的价格相对较低，可降低实验室研究成本，且操作简便，无需复杂的大型设备，适合常规实验室条件使用。常见的科研级蛋白纯化填料包括His-tag亲和填料、GST亲和填料、普通离子交换填料和凝胶过滤填料等，是生命科学研究中蛋白分离纯化的常用工具。填料基质常用琼脂糖、葡聚糖或聚合物，提供良好流动性和稳定性。磁珠型蛋白纯化填料
琼脂糖填料亲水性强且非特异性吸附低，是常用的基质材料。生产级纯化介质供应商
羟基磷灰石（CHT）是一种独特的混合模式填料，晶体结构中的钙离子和磷酸根可同时与蛋白的羧基和氨基产生静电及配位作用，提供不同于传统离子交换的选择性。Bio-Rad的CHT陶瓷填料分为I型和II型，孔径40-80 μm，耐压性能优异。其分离机制复杂，兼具阳离子交换和金属亲和特性，特别适合分离等电点相近的蛋白变体。优势包括：可区分磷酸化/去磷酸化蛋白，去除DNA和内能力强，清洗再生简单。缺点是载量相对较低（10-20 mg/mL），平衡时间较长。在单抗电荷异构体分离、疫苗抗原纯化及基因载体纯化中表现独特，是精纯阶段的有力补充。生产级纯化介质供应商
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