二代测序的建库步骤⑥
六、文库质量检测
定量检测:使用荧光定量PCR(qPCR)或其他核酸定量方法(如Qubit)来确定文库的浓度。Qubit是一种基于荧光染料与核酸特异性结合的定量方法,它可以准确地测量DNA或RNA的浓度,并且对不同大小的核酸片段有较好的定量准确性。通过定量检测,可以了解文库的产量,为后续的测序上样量提供参考。
片段大小检测:利用琼脂糖凝胶电泳或生物分析仪(如Agilent2100Bioanalyzer)来检测文库片段大小。琼脂糖凝胶电泳是一种传统的方法,通过将文库样品在琼脂糖凝胶中进行电泳,根据DNA片段在电场中的迁移速度来判断片段大小。生物分析仪则可以提供更精确的片段大小分布和浓度信息,它是基于微流体芯片技术,能够快速、准确地分析文库质量。 单细胞测序属于二代测序吗?江西嘉安健达二代测序技术
二代测序技术的一些***研究进展②
植物基因组学研究领域 :
花生四倍体野生种基因组测序:河南农业大学殷冬梅教授团队和上海交通大学韦朝春教授团队联合发布了花生四倍体野生种近乎完整基因组 amon2.0 版本。该研究结合 ONT 超长读段、二代测序和 Hi-C 等多种测序技术,使基因组的连续性、完整性和准确性都得到了显著提高,为花生的遗传驯化和分子育种提供了重要的基因组数据信息资源。
长雄野生稻基因组解析:中科院昆明动物所王文研究组与云南省农科院粮食作物研究所胡凤益研究组等中外机构合作,利用二代测序技术成功组装出高质量的长雄野生稻基因组,并对其与近缘物种的分歧时间、基因的收缩扩张等进行了分析,还鉴定出一批可能影响地下茎以及自交不亲和性状的候选基因及代谢途径,为解析相关分子机制提供了重要线索。 黑龙江二代测序检测二代测序广泛应用于基因组学研究。
什么样本可以做二代测序?④
4、口腔样本
口腔拭子:通过刮取口腔黏膜细胞来获取样本。口腔拭子采集方便、无创,可用于DNA提取和基因检测。例如,在法医鉴定中,口腔拭子是常用的样本来源,用于个体身份识别和亲子关系鉴定等;在一些大规模的人群基因筛查项目中,也可以使用口腔拭子来收集样本。
5、粪便样本
粪便中含有肠道微生物、肠道上皮细胞等成分。对粪便样本进行宏基因组测序,可以研究肠道微生物群落的组成、功能和多样性。例如,在肠道疾病(如炎症性肠病、结直肠*等)的研究中,分析粪便中微生物群落结构的变化,以及微生物基因的表达情况,有助于了解疾病的发病机制和寻找潜在的生物标志物。
二代测序技术(NGS)
原理:通过构建DNA文库,在测序平台上对文库中的大量DNA片段进行大规模并行测序,能够同时获得数以百万计的DNA序列信息。
准确性方面:
全基因组检测准确性高:在全基因组测序或者外显子组测序中,能够***地检测基因序列的变化,包括单核苷酸变异(SNV)、插入/缺失(Indel)、拷贝数变异(CNV)等多种突变类型。其检测SNV的准确性可以达到99%以上,对于Indel和CNV的检测准确性也能达到90%-95%左右。
数据分析复杂影响准确性理解:由于NGS产生的数据量巨大,数据分析过程复杂。如果数据分析流程不完善或者对数据解读有误,可能会导致结果偏差。例如,在低质量数据过滤、比对参考基因组以及变异注释等环节都可能出现错误。 二代测序包括全基因组测序和全外显子测序。
二代测序的应用领域有哪些?
基因组学研究:用于全基因组测序,快速获取物种的基因组序列信息,研究基因组结构、变异、进化等;进行全外显子组测序,重点关注编码蛋白质的外显子区域,发现与疾病相关的基因突变。
转录组学研究:通过对转录组进行测序,可分析基因的表达水平、可变剪接、新转录本发现等,有助于深入了解基因在不同生理和病理状态下的表达调控机制。
疾病诊断与***:在遗传病诊断中,能够检测出导致遗传病的基因突变,为疾病的诊断、遗传咨询和产前诊断提供依据;在**研究中,可分析肿瘤细胞的基因突变、拷贝数变异、基因融合等,为**的早期诊断、靶向***和预后评估提供支持。
药物研发:用于药物靶点的发现和验证,通过分析疾病相关的基因变异和表达变化,确定潜在的药物作用靶点;还可进行药物基因组学研究,预测患者对药物的反应和不良反应,实现个体化药物***。
微生物学研究:对微生物群落进行宏基因组测序,无需培养即可分析微生物的种类、丰度和功能基因,了解微生物群落的结构和动态变化,研究微生物与宿主的相互作用,以及在环境科学、农业、医学等领域的应用
二代测序需要多久才能完成?嘉安健达二代测序价格
二代测序实验与测序原理是什么?江西嘉安健达二代测序技术
二代测序用于蛋白组测序的优势
高通量:二代测序本身具有一次性处理大量核酸序列的能力,在结合蛋白组测序相关应用时,能快速获取大规模的转录组数据,进而可以对众多潜在的蛋白质信息进行分析推断,相比传统逐个蛋白分析的方法,**提高了效率,能够在短时间内覆盖更***的蛋白组范围。
能发现新蛋白及异构体:借助对转录组的深度测序,可以挖掘出一些新的转录本,这些转录本有可能翻译出全新的蛋白质或者产生蛋白质异构体,有助于拓展对蛋白组复杂程度的认知,发现那些以往可能被遗漏的蛋白质种类和形式。 江西嘉安健达二代测序技术