习惯与化学农药混用降低活性
微生物菌剂中含有活菌成分，将微生物菌剂与杀细菌药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性，造成部分菌死亡。
轻视使用量，用量不足，效果打折扣
使用微生物菌剂能取得好的效果，前提是要用足量。
土壤中的微生物种类繁多，数量巨大，接种的外来有益菌要形成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度，增施有机肥，提高土壤物理肥力，增加微生物菌的数量等。
使用方法和时间掌握不当
微生物菌剂使用方式灵活多样，液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施。
研究表明，微生物菌剂的施入可使土壤中微生物量***增加。青海常规微生物菌剂技术指导
首先，微生物菌剂促生根的原理不同于生根剂生根粉促生根的原理。
生根剂生根粉促生根的原理：在作物生产应用中有吲哚乙酸、吲哚丁酸、萘乙酸，御根生，br生根剂，复硝酚钠等多个成分，是在植物体内维持植物的顶端优势，诱导同化产物向产品（果实）运输，促进植物生根等。
微生物菌剂促生根的原理：通过施入土壤后开始繁殖分泌出来的分泌物比如几丁质酶，生根素等物质改善土壤环境，间接作用于植物，并不是直接作用植物，基本适用于所有植物。 中国台湾通常微生物菌剂技术指导据相关研究表明：已经记载的植物细菌病害在500种以上，涵盖20多个属的300个种、亚种和致病变种。
用菌剂的过程中，并不单单使用菌剂，单独使用菌剂的话，效果会打折扣，需要为菌剂提供营养。
做的比较好的厂家在推广菌剂的时候，会跟腐殖酸或其他的有机肥配合使用，微生物赖以生存的主要还是碳和水，所以同一个产品还是在有机质含量高的地方效果好。
微生物肥料使用方式灵活多样。液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施，不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾，做底肥、沟施、穴施、灌根使用时采取局部用肥的方法会有利于肥效的发挥，与未腐熟的畜禽粪混合使用时，腐熟过程中的高温对菌剂活性和数量会产生影响，建议将畜禽粪腐熟后再混用。为更好的发挥微生物肥料效果，避**一方式的使用，建议根据菌种的特性将以上方法组合使用。
1、提高产量。实践证明，微生物菌剂特定的肥料效应不仅为农作物提供营养元素，促进作物的生长发育，有利于农作物增产。
2、改善品质。微生物菌剂能有效地改善农产品品质。有的微生物肥料产品，还可以减少硝酸盐的积累，提高农产品的安全性。
3、增强作物的抗逆性能。如可增强农作物的抗旱、耐寒、抗倒伏、防病及抗盐碱能力，同时还能有效预防作物生理***害的发生。
4、提高化肥利用率。微生物菌剂有效菌大多能分解土壤中有机质，有机质分解过程中生成腐殖酸，腐殖酸与土壤中的氮形成腐殖酸铵，可减少氮肥的流失。
5、改善土壤养分。微生物菌剂有效菌能够促进土壤中难溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分的供应能力
微生物通过代谢过程中氧气和二氧化碳的交换以及分泌的有机酸等酸性物质，促进土壤中微量元素的释放及螯合。
保质期内产品质量变化大等，导致应用效果的不稳定。
菌剂生产日期是下半年的话，厂家工艺不合格，很多液体包装或者桶装很多产品会出现胀气，胀气是因为微生物是***，在发酵时是在桶里面添加适宜微生物生长的有机质，完成自身定殖，数量成基数的增长，出灌包装成成品，发到市场上一定要使微生物处于休眠状态。休眠状态时间长短，一方面与营养物质浓度有关，另外还跟接触的外界温度，菌剂抗逆活性有很大关系，国外比较好的成品，有效期能达到5年左右，国内一般在两到三年。
纯植物源原料，能明显促进作物的生长发育，有利于作物增产。广东正规微生物菌剂品质保障
微生物是土壤的重要组成部分并且是土壤生态系统的灵魂和中心，必将在土壤健康的恢复中发挥重要作用。青海常规微生物菌剂技术指导
首先，微生物是真正意义上的土壤的“造就师”
微生物通过代谢过程中氧气和二氧化碳的交换以及分泌的有机酸等酸性物质，促进土壤中微量元素的释放及螯合，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成。对应于当前土壤中出现的通透性不强、保水保肥性差、地力差等问题，正是受土壤中的团粒结构、有机质、腐殖酸和腐殖质的影响，而这些物质的形成又受土壤中微生物的作用。这就是“造就师” 青海常规微生物菌剂技术指导
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