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北京Co IP免疫沉淀磁珠应用

真核生物的基因组 DNA 以染色质（Chromatin）的形式存在。因此，研究蛋白质与 DNA 在染色质环境中的相互...

免疫沉淀基本参数

品牌
世途科生物
产品名称
免疫沉淀磁珠Protein A/G
有效期
12个月

免疫沉淀企业商机

真核生物的基因组 DNA 以染色质（Chromatin）的形式存在。因此，研究蛋白质与 DNA 在染色质环境中的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径，而染色质免疫共沉淀（Chromatinimmunoprecipitation，ChIP）技术是目前公认的研究此相互作用的选择，是真核生物基因表达机制研究中不可或缺的技术之一。

它的基本原理是在活细胞状态下，固定蛋白质-DNA（染色质）复合物，并将其切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法（抗体亲和）沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的 DNA，通过对目的片段的纯化与后期检测，从而获得蛋白质与 DNA 相互作用的信息。

免疫沉淀IP抗体的选择？北京Co IP免疫沉淀磁珠应用

免疫沉淀实验步骤：

1. 样品制备

a. 悬浮细胞样品处理：离心收集细胞（4℃, 1000g, 5 min），用手指把细胞用力弹散。按照6孔板每孔细胞加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制剂的裂解液（裂解液应在使用前数分钟内加入蛋白酶抑制剂Cocktail，使蛋白酶抑制剂Cocktail的终浓度为1×）。混匀后置于冰上处理10 min；离心收集上清液（4℃, 14000g, 10 min），置于冰上备用（或置于-20℃长期保存）。

b. 贴壁细胞样品处理：移去培养基，用PBS清洗细胞两遍；用细胞刮棒刮脱细胞，收集至1.5mL EP管内，按照6孔板每孔加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制剂的裂解液（裂解液应在使用前数分钟内加入蛋白酶抑制剂Cocktail，使蛋白酶抑制剂Cocktail的终浓度为1×）。吹打数下，使裂解液和细胞充分接触。混匀后置于冰上处理10 min；离心收集上清液（4℃, 14000g, 10 min），置于冰上备用（或置于-20℃长期保存）。

4. 后续：磁珠预处理——抗体吸附——抗原结合反应——抗体洗脱

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RIP技术的优势在于：

1. 特异性：利用特异性抗体，可以精确地捕获目标RNA结合蛋白及其相互作用的RNA。

2. 应用场景多：适用于研究RNA结合蛋白、miRNA、lncRNA等非编码RNA与蛋白质的相互作用。

3. 技术结合：RIP后的RNA可以用于多种下游分析，如qPCR、测序等，为研究RNA的功能和调控提供了重要信息。

RIP技术的限制包括：

1. 抗体质量：需要高质量的特异性抗体，否则可能得到假阳性或假阴性结果。

2. 非特异性结合：可能存在非特异性结合问题，需要仔细的实验设计和对照来控制。

Co-IP（免疫共沉淀）技术主要用于研究蛋白质之间的相互作用，其实验设计如下：

1. 样品准备：Co-IP实验通常有两种，一种是内源性蛋白相互作用验证，一种是非内源性蛋白相互作用验证。内源性相互作用通过质粒共转染的方式将两种蛋白转染至同一细胞内表达；非内源性相互作用则是将含有靶蛋白的组织进行预处理及细胞裂解获得细胞裂解液。

2. 沉淀诱饵蛋白：利用磁珠偶联抗体沉淀诱饵蛋白。在样品中加入磁珠偶联抗体，抗体会与诱饵蛋白结合，利用磁铁将磁珠拉下，同时诱饵蛋白会一起被沉淀出来。

3. SDS-PAGE及WB检测：得到沉淀后，需要验证沉淀中是否存在相互作用蛋白。先利用SDS-PAGE将蛋白复合物分离，随后利用WB检测是否存在靶蛋白。

4. 实验对照设置：为了避免“假阳性”，需要设置正确的对照，包括阴性对照和阳性对照（Input组）。Input组为直接利用抗体对细胞裂解液进行WB检测，验证细胞裂解液中存在蛋白。

5. 结果真实性：确保共沉淀的蛋白是由所加入的抗体沉淀得到的，而并非外源非特异蛋白。使用单克隆抗体有助于避免污染的发生。

免疫沉淀技术RIP实验步骤。

RIP实验步骤通常包括：

1. 细胞收集与交联：培养细胞至适当密度。使用交联剂（如甲醛）进行交联，以固定蛋白质-RNA复合物。

2. 细胞裂解：收集细胞并进行裂解，释放RNA-蛋白质复合物。在裂解过程中添加蛋白酶抑制剂以防止蛋白质降解。

3. 超声处理：使用超声波破坏细胞，获得更小的染色质片段，这有助于后续步骤中抗体的接触。

4. 除去细胞碎片：通过离心去除细胞碎片和未裂解的细胞，收集含RNA-蛋白质复合物的上清液。

5. 免疫沉淀：将针对特定RNA结合蛋白（RBP）的抗体加入到上清液中。孵育一段时间，使抗体与目标蛋白充分结合。

6. 捕获免疫复合物：添加蛋白A或蛋白G结合的磁珠或琼脂糖珠。孵育使抗体-蛋白质-RNA复合物与珠子结合。

7. 洗涤：多次洗涤珠子以去除未特异性结合的蛋白质和RNA。

8. 洗脱与逆转交联：使用适当的缓冲液洗脱免疫复合物。使用蛋白酶K处理样品以逆转交联，释放RNA。

9. RNA提取与纯化：从免疫沉淀样品中提取RNA，并进行纯化。

10. RNA分析：使用qPCR、Northern blot、RNA-Seq等方法分析沉淀的RNA，以确定与目标蛋白相互作用的RNA种类。

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免疫沉淀技术ChIP的优缺点是什么？北京Co IP免疫沉淀磁珠应用

免疫沉淀技术（Immunoprecipitation, IP）是一种用于研究蛋白质相互作用和蛋白质特性的重要方法。它具有一些明显的优点，但也存在一些局限性。

优点:

1. 特异性强：IP技术利用特异性抗体对目标蛋白进行捕获，因此具有很高的特异性。

2. 富集低丰度蛋白：可以从小量样本中富集低丰度的目标蛋白，有助于研究稀有蛋白。

3. 研究蛋白质相互作用：通过Co-IP等变体技术，可以研究蛋白质之间的相互作用。

4. 操作简便：IP实验步骤相对简单，容易在实验室中实施。

缺点:

1. 对抗体质量依赖性高：需要高质量的特异性抗体，否则可能导致假阳性或实验失败。

2. 存在非特异性结合：样本中的其他蛋白质可能非特异性地结合到抗体或固相载体上。

3. 可能破坏蛋白质的天然构象：裂解和洗涤步骤可能破坏蛋白质的天然结构，影响其功能。

4. 可能存在背景噪声：非特异性结合可能导致背景噪声，影响结果的清晰度和解释。

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