免疫沉淀纯化所得抗原纯度低一般有多种原因:
1. 非特异性蛋白污染
如果洗脱所得抗原纯度较低,则有几种方法可以进行优化。在结合或洗涤缓冲液中加入去污剂或其他可以降低非特异性结合的组分。使用普通微珠预纯化样本还可以降低非目标分子的共纯化。此外,还可以使用无关蛋白 (如BSA) 封闭微珠 。
2. 抗体污染
使用蛋白A、G或A/G的经典免疫沉淀实验中会出现抗体与抗原共洗脱的情况。如果共洗脱会影响下游分析,则需要使用抗体通过共价连接固定至微珠的方法进行实验,如Pierce 直接 IP 或交联 IP 的形式。
免疫沉淀和免疫共沉淀的区别?深圳RIP免疫沉淀磁珠原理
ChIP实验的基本步骤包括:
1. 交联(Crosslinking):细胞被甲醛等交联剂处理,使得蛋白质和DNA之间的相互作用被固定,形成稳定的蛋白质-DNA复合物。
2. 细胞裂解:裂解细胞,释放染色质,同时保持蛋白质-DNA复合物的完整性。
3. 超声或酶解:通过超声或酶解将染色质切割成较小的片段,以便于后续步骤中的免疫沉淀。
4. 免疫沉淀(Immunoprecipitation):加入针对特定组蛋白修饰或转录因子的抗体,这些抗体会特异性地结合到目标蛋白质上。
5. 捕获复合物:使用蛋白A或蛋白G结合的珠子捕获抗体-蛋白质-DNA复合物。
6. 洗涤:洗涤珠子以去除未特异性结合的蛋白质和DNA片段。
7. 逆转录交联:将捕获的复合物从珠子上洗脱,并进行逆转录交联,使固定的蛋白质-DNA复合物分离。
8. DNA纯化:纯化从免疫沉淀中得到的DNA片段。
9. 分析:通过qPCR、芯片分析(ChIP-chip)或高通量测序(ChIP-seq)等方法分析沉淀的DNA片段,以确定特定蛋白质在基因组上的结合位点。
深圳RIP免疫沉淀磁珠原理免疫沉淀IP技术选琼脂糖珠还是磁珠?
免疫沉淀实验步骤:
1. 样品制备
a. 悬浮细胞样品处理:离心收集细胞(4℃, 1000g, 5 min),用手指把细胞用力弹散。按照6孔板每孔细胞加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制剂的裂解液(裂解液应在使用前数分钟内加入蛋白酶抑制剂Cocktail,使蛋白酶抑制剂Cocktail的终浓度为1×)。混匀后置于冰上处理10 min;离心收集上清液(4℃, 14000g, 10 min),置于冰上备用(或置于-20℃长期保存)。
b. 贴壁细胞样品处理:移去培养基,用PBS清洗细胞两遍;用细胞刮棒刮脱细胞,收集至1.5mL EP管内,按照6孔板每孔加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制剂的裂解液(裂解液应在使用前数分钟内加入蛋白酶抑制剂Cocktail,使蛋白酶抑制剂Cocktail的终浓度为1×)。吹打数下,使裂解液和细胞充分接触。混匀后置于冰上处理10 min;离心收集上清液(4℃, 14000g, 10 min),置于冰上备用(或置于-20℃长期保存)。
4. 后续:磁珠预处理——抗体吸附——抗原结合反应——抗体洗脱
免疫沉淀(RIP)实验中抗体的选择非常关键,因为抗体的特异性和亲和力直接影响到实验的成功与否。
1. 特异性:抗体应当对目标蛋白具有高度的特异性,以避免与其他蛋白发生非特异性结合,导致假阳性结果。
2. 亲和力:抗体对目标蛋白的亲和力要足够高,以确保在免疫沉淀过程中能够有效地捕获目标蛋白。
3. 抗体类型:单克隆抗体和多克隆抗体都可以用于IP实验。单克隆抗体提供更高的特异性和批间一致性,而多克隆抗体可能提供更强的结合能力和更广的表位覆盖。
4. 应用验证:选择已经过免疫沉淀(RIP)或相关应用(如Western blot, IHC)验证的抗体,这增加了实验成功的可能性。
5. 供应商信息:选择信誉良好的抗体供应商,并查看供应商提供的技术数据和客户评价,以帮助做出决策。
免疫沉淀技术的实验设计。
RNA免疫沉淀技术(RIP)是一种研究RNA与蛋白质相互作用的重要方法,其应用领域主要包括:
1. 转录后调控研究:RIP技术可以帮助研究者了解RNA在转录后水平如何被调控。
2. 表观遗传调控:RIP技术用于研究RNA结合蛋白(RBPs)在表观遗传调控中的作用。
3. 非编码RNA功能研究:RIP技术可以用来研究长非编码RNA(lncRNA)、miRNA和其他小RNA的种类,以及它们如何与蛋白质相互作用来调控基因表达。
4. RNA病毒研究:RIP技术也可用于研究RNA病毒与其宿主细胞内蛋白质的相互作用,进而了解病毒复制和致病机制。
5. RNA修饰和甲基化研究:RIP技术结合其他技术如m5C-RIP-seq,可用于研究RNA甲基化修饰及其在病理过程中的作用。
6. RNA定位和稳定性:通过RIP技术,研究者可以探索特定RNA在细胞内的定位以及它们如何被稳定或降解。
7. RNA-蛋白质复合物的鉴定:RIP技术可以用来鉴定与特定RNA结合的蛋白质,从而揭示RNA-蛋白质复合物的组成。
8. 疾病相关RNA研究:RIP技术在疾病相关RNA的研究中也有应用。
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“免疫沉淀”一般是指采用固定在固相支持物上的结合蛋白,进行小规模的蛋白质亲和纯化的实验。更确切地说,IP是采用固定在微珠支持物(一般是琼脂糖树脂)上的特定抗体,从复杂的混合物中,纯化单一抗原的实验。固定化蛋白质复合物的组装既可以分步进行,也可以一步完成。
常见的加样顺序:抗体和样本(如细胞裂解物)一起孵育,然后加入亲和微珠,用于捕获抗体-抗原复合物。也可以将抗体和微珠(通过抗体结合蛋白,如蛋白A、G或A/G等,直接或间接结合抗体)先进行孵育,然后再加入含有抗原的样本。当抗原、抗体和固相支持物产生结合以后,充分洗涤微珠,再采用适当的洗脱缓冲液从支持物上洗脱抗原。
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